分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建

分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建

目的建立利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库。方法通过同源重组和L5<italic> attB</italic>噬菌体整合位点交换构建耻垢分枝杆菌Δ<italic>rpoB</italic> <italic>attB</italic>：：<italic>rpoB</italic>菌株；基于L5<italic> attB</italic>质粒交换系统和抗性选择培养基，挑取48个克隆以验证质粒替换的效率；针对利福平耐药决定...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Main Authors: 陈勇, 冯思源, 徐霖, 田国宝
Format: Article
Language:zho
Published: Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University 2023-07-01
Series:Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
Subjects:
分枝杆菌
利福平耐药
突变文库
<italic>rpoB</italic>
Online Access:http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/doi/10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2023.0413/
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
_version_ 1841535557770936320
author 陈勇
冯思源
徐霖
田国宝
author_facet 陈勇
冯思源
徐霖
田国宝
author_sort 陈勇
collection DOAJ
description 目的建立利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库。方法通过同源重组和L5<italic> attB</italic>噬菌体整合位点交换构建耻垢分枝杆菌Δ<italic>rpoB</italic> <italic>attB</italic>：：<italic>rpoB</italic>菌株；基于L5<italic> attB</italic>质粒交换系统和抗性选择培养基，挑取48个克隆以验证质粒替换的效率；针对利福平耐药决定区（RRDR）区域内以每３个碱基为单位设计简并性引物，通过PCR扩增获得该区域81个碱基的全覆盖式突变文库；文库片段与载体进行无缝克隆转化到大肠杆菌中形成大肠杆菌突变文库；基于质粒交换原理，将突变质粒库转化至耻垢分枝杆菌<italic>ΔrpoB attB</italic>：：<italic>rpoB</italic>菌株中，替换原有L5<italic> attB</italic>位点质粒，形成耻垢分枝杆菌突变文库；通过基因组提取、建库和高通量测序明确文库的基因型种类。结果与野生型<italic>rpoB</italic>基因（5 600 bp）相比，敲除株的扩增片段为2 200 bp，证明耻垢分枝杆菌<italic>ΔrpoB attB</italic>：：<italic>rpoB</italic>条件性敲除株构建成功；质粒替换的成功率为100%；大肠杆菌文库和耻垢分枝杆菌文库中单氨基酸突变类型均为540种，大肠杆菌文库多点突变5 301种，耻垢分枝杆菌文库多点突变853种，大肠杆菌文库和耻垢分枝杆菌文库相关系数为0.84。结论开发了一种针对分枝杆菌必需基因<italic>rpoB</italic>突变体文库的构建策略，成功建立了利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>的突变文库。
format Article
id doaj-art-967bc36f330a437a989fd148ede04886
institution Kabale University
issn 1672-3554
language zho
publishDate 2023-07-01
publisher Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University
record_format Article
series Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
spelling doaj-art-967bc36f330a437a989fd148ede048862025-01-15T02:31:47ZzhoEditorial Office of Journal of Sun Yat-sen UniversityZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban1672-35542023-07-014463464143471497分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建陈勇冯思源徐霖田国宝目的建立利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库。方法通过同源重组和L5<italic> attB</italic>噬菌体整合位点交换构建耻垢分枝杆菌Δ<italic>rpoB</italic> <italic>attB</italic>：：<italic>rpoB</italic>菌株；基于L5<italic> attB</italic>质粒交换系统和抗性选择培养基，挑取48个克隆以验证质粒替换的效率；针对利福平耐药决定区（RRDR）区域内以每３个碱基为单位设计简并性引物，通过PCR扩增获得该区域81个碱基的全覆盖式突变文库；文库片段与载体进行无缝克隆转化到大肠杆菌中形成大肠杆菌突变文库；基于质粒交换原理，将突变质粒库转化至耻垢分枝杆菌<italic>ΔrpoB attB</italic>：：<italic>rpoB</italic>菌株中，替换原有L5<italic> attB</italic>位点质粒，形成耻垢分枝杆菌突变文库；通过基因组提取、建库和高通量测序明确文库的基因型种类。结果与野生型<italic>rpoB</italic>基因（5 600 bp）相比，敲除株的扩增片段为2 200 bp，证明耻垢分枝杆菌<italic>ΔrpoB attB</italic>：：<italic>rpoB</italic>条件性敲除株构建成功；质粒替换的成功率为100%；大肠杆菌文库和耻垢分枝杆菌文库中单氨基酸突变类型均为540种，大肠杆菌文库多点突变5 301种，耻垢分枝杆菌文库多点突变853种，大肠杆菌文库和耻垢分枝杆菌文库相关系数为0.84。结论开发了一种针对分枝杆菌必需基因<italic>rpoB</italic>突变体文库的构建策略，成功建立了利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>的突变文库。http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/doi/10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2023.0413/分枝杆菌利福平耐药突变文库<italic>rpoB</italic>
spellingShingle 陈勇
冯思源
徐霖
田国宝
分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建
Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
分枝杆菌
利福平耐药
突变文库
<italic>rpoB</italic>
title 分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建
title_full 分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建
title_fullStr 分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建
title_full_unstemmed 分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建
title_short 分枝杆菌利福平耐药基因<italic>rpoB</italic>高通量突变文库的构建
title_sort 分枝杆菌利福平耐药基因 italic rpob italic 高通量突变文库的构建
topic 分枝杆菌
利福平耐药
突变文库
<italic>rpoB</italic>
url http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/doi/10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2023.0413/
work_keys_str_mv AT chényǒng fēnzhīgānjūnlìfúpíngnàiyàojīyīnitalicrpobitalicgāotōngliàngtūbiànwénkùdegòujiàn
AT féngsīyuán fēnzhīgānjūnlìfúpíngnàiyàojīyīnitalicrpobitalicgāotōngliàngtūbiànwénkùdegòujiàn
AT xúlín fēnzhīgānjūnlìfúpíngnàiyàojīyīnitalicrpobitalicgāotōngliàngtūbiànwénkùdegòujiàn
AT tiánguóbǎo fēnzhīgānjūnlìfúpíngnàiyàojīyīnitalicrpobitalicgāotōngliàngtūbiànwénkùdegòujiàn

Similar Items