ABCA6基因的变异p.Asn1322Ser与ABCA7基因的变异 p.Cys1988Phe与抵抗慢性乙型肝炎病毒感染相关

ABCA6基因的变异p.Asn1322Ser与ABCA7基因的变异 p.Cys1988Phe与抵抗慢性乙型肝炎病毒感染相关

【目的】本课题组前期通过筛选99例理论上为“乙肝易感个体”及90例理论上为“乙肝抵抗个体” 的全外显子组测序数据，报道了乙肝病毒受体基因SLC10A1的变异p.Ser267Phe与携带者对乙肝有更高的抵抗性相关。本研究旨在进一步深度挖掘这些个体的全外显子组测序结果，鉴定以前未知的其他与慢性乙型病毒性肝炎病毒感染抵抗性相关的新基因及突变。【方法】从全外显子组测序的数据中筛选导致编码蛋白改变的单核苷酸变异和小的插入缺失；选择在“乙肝抵抗”组中显著性升高的遗传变异；用Fisher精确检验进行“易感-抵抗”组间关联性分析，对在“易感-抵抗”组中有显著差异（P<0.05）的变异进行生物信息学研究及...

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Main Authors: 蒋丹华, 黎福成, 廖启军, 刘劲松
Format: Article
Language:zho
Published: Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University 2016-01-01
Series:Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
Subjects:
慢性乙型病毒性肝炎
人类ABC转运蛋白
全外显子组测序
单核苷酸变异
Online Access:http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43570638/
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author 蒋丹华
黎福成
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刘劲松
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description 【目的】本课题组前期通过筛选99例理论上为“乙肝易感个体”及90例理论上为“乙肝抵抗个体” 的全外显子组测序数据，报道了乙肝病毒受体基因SLC10A1的变异p.Ser267Phe与携带者对乙肝有更高的抵抗性相关。本研究旨在进一步深度挖掘这些个体的全外显子组测序结果，鉴定以前未知的其他与慢性乙型病毒性肝炎病毒感染抵抗性相关的新基因及突变。【方法】从全外显子组测序的数据中筛选导致编码蛋白改变的单核苷酸变异和小的插入缺失；选择在“乙肝抵抗”组中显著性升高的遗传变异；用Fisher精确检验进行“易感-抵抗”组间关联性分析，对在“易感-抵抗”组中有显著差异（P<0.05）的变异进行生物信息学研究及野生型和突变型蛋白的结构分析。【结果】本研究在两个ABC转运蛋白超家族成员ABCA6和ABCA7基因区域内各发现一个错义突变，分别是p.Asn1322Ser (c.3965A>G，rs2302134)和p.Cys1988Phe (c.5963G>T，rs142573667)，二者均在“乙肝抵抗”组显著性升高，表明突变携带者对乙肝有更强的抵抗性（p.Asn1322Ser: P=0.0187，OR=0.59; p.Cys1988Phe: P=0.0099，OR=0.07）。生物信息学分析显示，两个突变导致的氨基酸改变全发生在跨物种保守的氨基酸中，且两个突变都发生于野生型蛋白的ABC转运蛋白结构域内，SIFT预测均为对野生型蛋白功能有大的影响的变异。结构学分析显示， ABCA6的p.Asn1322Ser突变影响了野生型蛋白的ATP结合功能；ABCA7的p.Cys1988Phe突变可能会影响蛋白质的二硫键的形成，并可能干扰相邻β-折叠片结构，从而破坏野生蛋白的正常功能。【结论】我们的研究结果揭示了两个以前未报道过的基因及其变异，ABCA6的p.Asn1322Ser突变和ABCA7的p.Cys1988Phe突变，与携带者对慢性乙型肝炎病毒感染有更高的抵抗性相关。这为进一步阐明宿主的遗传背景在乙肝中的作用及机理提供了新的数据。我们的结果同样证明，对极端性状个体进行外显子组测序可以有效地阐明复杂疾病的遗传原因。
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spelling doaj-art-f75098fec4034e91bfcdeee6dd2b2ec42025-01-15T02:38:59ZzhoEditorial Office of Journal of Sun Yat-sen UniversityZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban1672-35542016-01-013743570638ABCA6基因的变异p.Asn1322Ser与ABCA7基因的变异 p.Cys1988Phe与抵抗慢性乙型肝炎病毒感染相关蒋丹华黎福成廖启军刘劲松【目的】本课题组前期通过筛选99例理论上为“乙肝易感个体”及90例理论上为“乙肝抵抗个体” 的全外显子组测序数据，报道了乙肝病毒受体基因SLC10A1的变异p.Ser267Phe与携带者对乙肝有更高的抵抗性相关。本研究旨在进一步深度挖掘这些个体的全外显子组测序结果，鉴定以前未知的其他与慢性乙型病毒性肝炎病毒感染抵抗性相关的新基因及突变。【方法】从全外显子组测序的数据中筛选导致编码蛋白改变的单核苷酸变异和小的插入缺失；选择在“乙肝抵抗”组中显著性升高的遗传变异；用Fisher精确检验进行“易感-抵抗”组间关联性分析，对在“易感-抵抗”组中有显著差异（P<0.05）的变异进行生物信息学研究及野生型和突变型蛋白的结构分析。【结果】本研究在两个ABC转运蛋白超家族成员ABCA6和ABCA7基因区域内各发现一个错义突变，分别是p.Asn1322Ser (c.3965A>G，rs2302134)和p.Cys1988Phe (c.5963G>T，rs142573667)，二者均在“乙肝抵抗”组显著性升高，表明突变携带者对乙肝有更强的抵抗性（p.Asn1322Ser: P=0.0187，OR=0.59; p.Cys1988Phe: P=0.0099，OR=0.07）。生物信息学分析显示，两个突变导致的氨基酸改变全发生在跨物种保守的氨基酸中，且两个突变都发生于野生型蛋白的ABC转运蛋白结构域内，SIFT预测均为对野生型蛋白功能有大的影响的变异。结构学分析显示， ABCA6的p.Asn1322Ser突变影响了野生型蛋白的ATP结合功能；ABCA7的p.Cys1988Phe突变可能会影响蛋白质的二硫键的形成，并可能干扰相邻β-折叠片结构，从而破坏野生蛋白的正常功能。【结论】我们的研究结果揭示了两个以前未报道过的基因及其变异，ABCA6的p.Asn1322Ser突变和ABCA7的p.Cys1988Phe突变，与携带者对慢性乙型肝炎病毒感染有更高的抵抗性相关。这为进一步阐明宿主的遗传背景在乙肝中的作用及机理提供了新的数据。我们的结果同样证明，对极端性状个体进行外显子组测序可以有效地阐明复杂疾病的遗传原因。http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43570638/慢性乙型病毒性肝炎人类ABC转运蛋白全外显子组测序单核苷酸变异
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