食管鳞状细胞癌肿瘤组织内菌群检测及特征分析

食管鳞状细胞癌肿瘤组织内菌群检测及特征分析

目的分析食管鳞癌患者（ESCC组）与健康对照组（HC组）肿瘤组织菌群多样性，筛选出食管鳞癌患者肿瘤组织中特异性细菌。方法收集105例食管鳞癌患者肿瘤组织标本和54例健康对照者的食管组织标本，提取标本总DNA，用PCR方法扩增16S rDNA V4区，后行高通量测序，将数据做OTU聚类及多样性分析筛选食管鳞癌组织内特征菌。最后用定量PCR（Q-PCR）扩增方法验证筛选结果。结果多样性分析表明ESCC组肿瘤标本和HC组正常食管组织标本内菌群多样性及组成存在明显差异，物种分析表明ESCC组以梭杆菌属（<italic>Fusobacterium</italic>）、孪生球菌属（...

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Main Authors: 冼博鸿, 位俊敏, 乔贵宾, 陈晓辉, 徐方平, 骆新兰, 陈翼翔, 李子俊
Format: Article
Language:zho
Published: Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University 2022-05-01
Series:Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
Subjects:
食管鳞状细胞癌
细菌
卟啉单胞菌属
梭杆菌属
Online Access:http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/doi/10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2022.0316/
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Summary:目的分析食管鳞癌患者（ESCC组）与健康对照组（HC组）肿瘤组织菌群多样性，筛选出食管鳞癌患者肿瘤组织中特异性细菌。方法收集105例食管鳞癌患者肿瘤组织标本和54例健康对照者的食管组织标本，提取标本总DNA，用PCR方法扩增16S rDNA V4区，后行高通量测序，将数据做OTU聚类及多样性分析筛选食管鳞癌组织内特征菌。最后用定量PCR（Q-PCR）扩增方法验证筛选结果。结果多样性分析表明ESCC组肿瘤标本和HC组正常食管组织标本内菌群多样性及组成存在明显差异，物种分析表明ESCC组以梭杆菌属（<italic>Fusobacterium</italic>）、孪生球菌属（<italic>Gemella</italic>）、奈瑟菌属（<italic>Neisseria</italic>）、卟啉单胞菌属（<italic>Porphyromonas</italic>）、链球菌属（<italic>Streptococcus</italic>）为主，HC组以梭杆菌属（<italic>Fusobacterium</italic>）、放线杆菌属（<italic>Actinobacillus</italic>）、链球菌属（<italic>Streptococcus</italic>）、普雷沃氏菌属（<italic>Prevotella</italic>）为主，LEfSe分析表明ESCC组卟啉菌属、梭杆菌属丰度升高，且具有统计学差异（<italic>P</italic>&lt;0.05）。Q-PCR验证结果表明食管鳞癌组织内牙龈卟啉单胞菌、具核梭杆菌拷贝数明显升高。结论食管癌肿瘤组织有其特征性的菌群组成，与健康对照组相比，食管鳞癌肿瘤组织中牙龈卟啉单胞菌、具核梭杆菌拷贝数明显升高，可能是其特征性的细菌。
ISSN:1672-3554

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