基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析

基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析

目的本研究旨在对RhD阳性个体中红细胞特异性表达的<italic>RHD</italic>基因不同转录本进行分析，并对选择性剪接发生的机制进行初步探讨。方法利用体外有核红细胞培养体系分离并培养RhD阳性个体的有核红细胞，使用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因外显子6至3’非编码区扩增后进行二代测序，分析mRNA转录本，并采用生物信息学方法分析<italic>RHD</italic>基因所有外显子5’及3’剪接位点的最大熵值。结果<italic>RH...

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Main Authors: 罗亚林, 魏玲, 姬艳丽, 罗广平, 付涌水, 温机智, 黎诚耀
Format: Article
Language:zho
Published: Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University 2021-01-01
Series:Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban
Subjects:
RhD阳性
二代测序
转录本
剪接
Online Access:http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43495934/
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description 目的本研究旨在对RhD阳性个体中红细胞特异性表达的<italic>RHD</italic>基因不同转录本进行分析，并对选择性剪接发生的机制进行初步探讨。方法利用体外有核红细胞培养体系分离并培养RhD阳性个体的有核红细胞，使用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因外显子6至3’非编码区扩增后进行二代测序，分析mRNA转录本，并采用生物信息学方法分析<italic>RHD</italic>基因所有外显子5’及3’剪接位点的最大熵值。结果<italic>RHD</italic>基因的转录本以正常全长mRNA为主，除此之外还存在其他8种异常转录本。按照表达量从多到少，分别为外显子7缺失、外显子9缺失、外显子8和9缺失、外显子7、8和9缺失、外显子7和9缺失、外显子8和9缺失合并外显子7与10间插入一段170 bp的内含子7片段、全长mRNA但插入170 bp的内含子7片段和外显子9缺失但插入一170 bp的内含子7片段，其中最后3种为新转录本。生物信息学分析提示外显子7和外显子9异常剪接可能与其5’-剪接位点（5’-splice site，5’ss）或3’ss和剪接体结合能力下降有关，而内含子7片段异常表达于转录本中可能与其两端存在类似5’ss和3’ss剪接保守序列有关。结论<italic>RHD</italic>基因存在十分复杂的选择性剪接模式，使RhD阳性个体的<italic>RHD</italic>基因在mRNA水平上存在多种不同的剪接转录本。
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institution Kabale University
issn 1672-3554
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publishDate 2021-01-01
publisher Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University
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