食管鳞状细胞癌肿瘤组织内菌群检测及特征分析
目的分析食管鳞癌患者(ESCC组)与健康对照组(HC组)肿瘤组织菌群多样性,筛选出食管鳞癌患者肿瘤组织中特异性细菌。方法收集105例食管鳞癌患者肿瘤组织标本和54例健康对照者的食管组织标本,提取标本总DNA,用PCR方法扩增16S rDNA V4区,后行高通量测序,将数据做OTU聚类及多样性分析筛选食管鳞癌组织内特征菌。最后用定量PCR(Q-PCR)扩增方法验证筛选结果。结果多样性分析表明ESCC组肿瘤标本和HC组正常食管组织标本内菌群多样性及组成存在明显差异,物种分析表明ESCC组以梭杆菌属(<italic>Fusobacterium</italic>)、孪生球菌属(...
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Format: | Article |
Language: | zho |
Published: |
Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University
2022-05-01
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Series: | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
Subjects: | |
Online Access: | http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/doi/10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2022.0316/ |
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author | 冼博鸿 位俊敏 乔贵宾 陈晓辉 徐方平 骆新兰 陈翼翔 李子俊 |
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description | 目的分析食管鳞癌患者(ESCC组)与健康对照组(HC组)肿瘤组织菌群多样性,筛选出食管鳞癌患者肿瘤组织中特异性细菌。方法收集105例食管鳞癌患者肿瘤组织标本和54例健康对照者的食管组织标本,提取标本总DNA,用PCR方法扩增16S rDNA V4区,后行高通量测序,将数据做OTU聚类及多样性分析筛选食管鳞癌组织内特征菌。最后用定量PCR(Q-PCR)扩增方法验证筛选结果。结果多样性分析表明ESCC组肿瘤标本和HC组正常食管组织标本内菌群多样性及组成存在明显差异,物种分析表明ESCC组以梭杆菌属(<italic>Fusobacterium</italic>)、孪生球菌属(<italic>Gemella</italic>)、奈瑟菌属(<italic>Neisseria</italic>)、卟啉单胞菌属(<italic>Porphyromonas</italic>)、链球菌属(<italic>Streptococcus</italic>)为主,HC组以梭杆菌属(<italic>Fusobacterium</italic>)、放线杆菌属(<italic>Actinobacillus</italic>)、链球菌属(<italic>Streptococcus</italic>)、普雷沃氏菌属(<italic>Prevotella</italic>)为主,LEfSe分析表明ESCC组卟啉菌属、梭杆菌属丰度升高,且具有统计学差异(<italic>P</italic><0.05)。Q-PCR验证结果表明食管鳞癌组织内牙龈卟啉单胞菌、具核梭杆菌拷贝数明显升高。结论食管癌肿瘤组织有其特征性的菌群组成,与健康对照组相比,食管鳞癌肿瘤组织中牙龈卟啉单胞菌、具核梭杆菌拷贝数明显升高,可能是其特征性的细菌。 |
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institution | Kabale University |
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publishDate | 2022-05-01 |
publisher | Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University |
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