基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测
【目的】为了研究合并心力衰竭的扩张型心肌病发生发展相关的差异基因与调控信号通路，利用生物信息学方法探讨了基因表达汇编（GEO）中的基因芯片和人类基因和遗传疾病的在线目录（OMIM）中扩张型心肌病相关基因。【方法】本研究选择了由德国波鸿大学Herz-&DiabeteszentrumNRW实验室利用临床病例心肌活检标本在GPL570平台进行测序并上传至GEO公共数据库的两张芯片基因集：GSE29819和GSE21610。将合并心力衰竭的扩张型心肌病和正常心脏功能的心肌活检标本分别作为实验组（分别为14例和21例）和对照组（分别为12例和8例）。利用GEO2R对两张芯片中的候选标本以P<...
Saved in:
| Main Authors: | , , , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University
2020-01-01
|
| Series: | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43565475/ |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1841534873585582080 |
|---|---|
| author | 李果 陈倩 李鸿炜 关畅 陈志腾 张玉玲 王景峰 |
| author_facet | 李果 陈倩 李鸿炜 关畅 陈志腾 张玉玲 王景峰 |
| author_sort | 李果 |
| collection | DOAJ |
| description | 【目的】为了研究合并心力衰竭的扩张型心肌病发生发展相关的差异基因与调控信号通路，利用生物信息学方法探讨了基因表达汇编（GEO）中的基因芯片和人类基因和遗传疾病的在线目录（OMIM）中扩张型心肌病相关基因。【方法】本研究选择了由德国波鸿大学Herz-&DiabeteszentrumNRW实验室利用临床病例心肌活检标本在GPL570平台进行测序并上传至GEO公共数据库的两张芯片基因集：GSE29819和GSE21610。将合并心力衰竭的扩张型心肌病和正常心脏功能的心肌活检标本分别作为实验组（分别为14例和21例）和对照组（分别为12例和8例）。利用GEO2R对两张芯片中的候选标本以P<0.05为标准进行表达上调差异基因的筛选，并进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，基因本体（GO）功能分析，及蛋白互作网络（PPI）分析，并通过R语言包中的火山图，Venn图，热图，富集通路气泡图等对结果进行展示，同时用基因集富集分析（GSEA）探索与合并心力衰竭的扩张型心肌病相关的以NOM.P<0.05为标准的KEGG通路及核心基因。以上候选基因分别与OMIM中的已报道过的基因取交集，并结合文献寻找这些候选基因的临床价值。【结果】GEO2R获得共同上调的P<0.05的差异基因173个，主要与炎症信号和细胞增殖分化调控及经典的凋亡信号传导通路相关，与OMIM中754个报道基因相交，得到已报道的表达上调基因3个：用于诊断心力衰竭的NPPA，与细胞因子作用相关的APOA1和调节横向小管重塑的COL6A1。而GSEA分析分别得到来源于NOM.P<0.05的KEGG通路的158个和46个核心基因，再与OMIM中754个报道基因相交，得到核心基因2个：增强心肌收缩力的PRKCA和促进心力衰竭发展的BMP2。【结论】根据生物信息学分析，我们发现筛选出的候选基因PRKCA，BMP2，NPPA，COL6A1很可能与合并心力衰竭的扩张型心肌病的发生发展密切相关，可以为晚期心功能失代偿的扩张型心肌病的治疗提供有意义的研究线索及方向。 |
| format | Article |
| id | doaj-art-621deec7d0ea4bf980b6e930d60dbf28 |
| institution | Kabale University |
| issn | 1672-3554 |
| language | zho |
| publishDate | 2020-01-01 |
| publisher | Editorial Office of Journal of Sun Yat-sen University |
| record_format | Article |
| series | Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban |
| spelling | doaj-art-621deec7d0ea4bf980b6e930d60dbf282025-01-15T02:36:23ZzhoEditorial Office of Journal of Sun Yat-sen UniversityZhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban1672-35542020-01-014143565475基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测李果陈倩李鸿炜关畅陈志腾张玉玲王景峰【目的】为了研究合并心力衰竭的扩张型心肌病发生发展相关的差异基因与调控信号通路，利用生物信息学方法探讨了基因表达汇编（GEO）中的基因芯片和人类基因和遗传疾病的在线目录（OMIM）中扩张型心肌病相关基因。【方法】本研究选择了由德国波鸿大学Herz-&DiabeteszentrumNRW实验室利用临床病例心肌活检标本在GPL570平台进行测序并上传至GEO公共数据库的两张芯片基因集：GSE29819和GSE21610。将合并心力衰竭的扩张型心肌病和正常心脏功能的心肌活检标本分别作为实验组（分别为14例和21例）和对照组（分别为12例和8例）。利用GEO2R对两张芯片中的候选标本以P<0.05为标准进行表达上调差异基因的筛选，并进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，基因本体（GO）功能分析，及蛋白互作网络（PPI）分析，并通过R语言包中的火山图，Venn图，热图，富集通路气泡图等对结果进行展示，同时用基因集富集分析（GSEA）探索与合并心力衰竭的扩张型心肌病相关的以NOM.P<0.05为标准的KEGG通路及核心基因。以上候选基因分别与OMIM中的已报道过的基因取交集，并结合文献寻找这些候选基因的临床价值。【结果】GEO2R获得共同上调的P<0.05的差异基因173个，主要与炎症信号和细胞增殖分化调控及经典的凋亡信号传导通路相关，与OMIM中754个报道基因相交，得到已报道的表达上调基因3个：用于诊断心力衰竭的NPPA，与细胞因子作用相关的APOA1和调节横向小管重塑的COL6A1。而GSEA分析分别得到来源于NOM.P<0.05的KEGG通路的158个和46个核心基因，再与OMIM中754个报道基因相交，得到核心基因2个：增强心肌收缩力的PRKCA和促进心力衰竭发展的BMP2。【结论】根据生物信息学分析，我们发现筛选出的候选基因PRKCA，BMP2，NPPA，COL6A1很可能与合并心力衰竭的扩张型心肌病的发生发展密切相关，可以为晚期心功能失代偿的扩张型心肌病的治疗提供有意义的研究线索及方向。http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43565475/扩张型心肌病心力衰竭基因表达汇编基因集富集分析生物信息学 |
| spellingShingle | 李果 陈倩 李鸿炜 关畅 陈志腾 张玉玲 王景峰 基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测 Zhongshan Daxue xuebao. Yixue kexue ban 扩张型心肌病 心力衰竭 基因表达汇编 基因集富集分析 生物信息学 |
| title | 基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测 |
| title_full | 基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测 |
| title_fullStr | 基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测 |
| title_full_unstemmed | 基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测 |
| title_short | 基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测 |
| title_sort | 基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测 |
| topic | 扩张型心肌病 心力衰竭 基因表达汇编 基因集富集分析 生物信息学 |
| url | http://xuebaoyx.sysu.edu.cn/zh/article/43565475/ |
| work_keys_str_mv | AT lǐguǒ jīyúshēngwùxìnxīxuétàntǎohébìngxīnlìshuāijiédekuòzhāngxíngxīnjībìngbǎjīyīndeyùcè AT chénqiàn jīyúshēngwùxìnxīxuétàntǎohébìngxīnlìshuāijiédekuòzhāngxíngxīnjībìngbǎjīyīndeyùcè AT lǐhóngwěi jīyúshēngwùxìnxīxuétàntǎohébìngxīnlìshuāijiédekuòzhāngxíngxīnjībìngbǎjīyīndeyùcè AT guānchàng jīyúshēngwùxìnxīxuétàntǎohébìngxīnlìshuāijiédekuòzhāngxíngxīnjībìngbǎjīyīndeyùcè AT chénzhìténg jīyúshēngwùxìnxīxuétàntǎohébìngxīnlìshuāijiédekuòzhāngxíngxīnjībìngbǎjīyīndeyùcè AT zhāngyùlíng jīyúshēngwùxìnxīxuétàntǎohébìngxīnlìshuāijiédekuòzhāngxíngxīnjībìngbǎjīyīndeyùcè AT wángjǐngfēng jīyúshēngwùxìnxīxuétàntǎohébìngxīnlìshuāijiédekuòzhāngxíngxīnjībìngbǎjīyīndeyùcè |