基于高通量测序技术对贵州山地野猪冬季盲肠细菌多样性分析
为掌握贵州山地野猪(<i>Sus scrofa</i>)盲肠细菌菌群的结构功能、多样性以及菌群的地区和性别差异,揭示细菌的特异性及其与宿主的相互作用,采用16S rRNA高通量测序技术对12头贵州野猪盲肠细菌菌群进行分析,共获得有效序列59 246条,经优化后以97%相似度聚类得到1 256个OTU。结果表明:(1)不同地区和性别组间菌群多样性总体上差异均不显著,而在具体菌群组成上存在一定的差异菌属。(2)共聚类得到细菌18门278属,优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)等6个,优势...
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| Main Authors: | , , , , , , , |
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| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Editorial Department of Chinese Journal of Wildlife
2022-01-01
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| Series: | 野生动物学报 |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://ysdw.nefu.edu.cn/thesisDetails#10.12375/ysdwxb.20220309 |
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| author | 彭彩淳 杨雄威 曹和琴 穆 浪 王野影 胡灿实 张明明 粟海军 |
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| description | 为掌握贵州山地野猪(<i>Sus scrofa</i>)盲肠细菌菌群的结构功能、多样性以及菌群的地区和性别差异,揭示细菌的特异性及其与宿主的相互作用,采用16S rRNA高通量测序技术对12头贵州野猪盲肠细菌菌群进行分析,共获得有效序列59 246条,经优化后以97%相似度聚类得到1 256个OTU。结果表明:(1)不同地区和性别组间菌群多样性总体上差异均不显著,而在具体菌群组成上存在一定的差异菌属。(2)共聚类得到细菌18门278属,优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)等6个,优势菌属有<i>Ruminococcaceae_UCG-</i>005<i>、Christensenellaceae_R-</i>7<i>_group</i>和<i>Prevotellaceae_NK</i>3<i>B</i>31<i>_group</i>等16个。(3)LEfSe分析表明,黔东南与黔北组间存在显著差异(<i>P</i><0.05)的菌群为瘤胃球菌属(<i>Ruminococcus</i>)、乳杆菌属(<i>Lactobacillus</i>)和拟普雷沃氏菌属(<i>Alloprevotella</i>)等。(4)PICRUSt基因预测分析表明,野猪盲肠富集了44条代谢途径,以碳水化合物代谢途径为主,其次为氨基酸代谢途径。结合已有研究分析,贵州野猪盲肠细菌菌群多样性高于河南野猪、重庆圈养野猪及藏猪,不同地区、性别间均各自富集其核心菌群。研究结果为探究野猪肠道菌群如何与宿主相互作用、疾病预防和免疫发育提供基础资料,从而促进野猪的生理生化、保护管理和种群生态学等方面的研究。 |
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| institution | Kabale University |
| issn | 2310-1490 |
| language | zho |
| publishDate | 2022-01-01 |
| publisher | Editorial Department of Chinese Journal of Wildlife |
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| spelling | doaj-art-3a99e31a3572488d8466e18c0de7174f2025-01-14T04:07:38ZzhoEditorial Department of Chinese Journal of Wildlife野生动物学报2310-14902022-01-0165466767054750基于高通量测序技术对贵州山地野猪冬季盲肠细菌多样性分析彭彩淳杨雄威曹和琴穆 浪王野影胡灿实张明明粟海军为掌握贵州山地野猪(<i>Sus scrofa</i>)盲肠细菌菌群的结构功能、多样性以及菌群的地区和性别差异,揭示细菌的特异性及其与宿主的相互作用,采用16S rRNA高通量测序技术对12头贵州野猪盲肠细菌菌群进行分析,共获得有效序列59 246条,经优化后以97%相似度聚类得到1 256个OTU。结果表明:(1)不同地区和性别组间菌群多样性总体上差异均不显著,而在具体菌群组成上存在一定的差异菌属。(2)共聚类得到细菌18门278属,优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)等6个,优势菌属有<i>Ruminococcaceae_UCG-</i>005<i>、Christensenellaceae_R-</i>7<i>_group</i>和<i>Prevotellaceae_NK</i>3<i>B</i>31<i>_group</i>等16个。(3)LEfSe分析表明,黔东南与黔北组间存在显著差异(<i>P</i><0.05)的菌群为瘤胃球菌属(<i>Ruminococcus</i>)、乳杆菌属(<i>Lactobacillus</i>)和拟普雷沃氏菌属(<i>Alloprevotella</i>)等。(4)PICRUSt基因预测分析表明,野猪盲肠富集了44条代谢途径,以碳水化合物代谢途径为主,其次为氨基酸代谢途径。结合已有研究分析,贵州野猪盲肠细菌菌群多样性高于河南野猪、重庆圈养野猪及藏猪,不同地区、性别间均各自富集其核心菌群。研究结果为探究野猪肠道菌群如何与宿主相互作用、疾病预防和免疫发育提供基础资料,从而促进野猪的生理生化、保护管理和种群生态学等方面的研究。http://ysdw.nefu.edu.cn/thesisDetails#10.12375/ysdwxb.20220309野猪盲肠肠道微生物菌群多样性高通量测序 |
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