Marmara Bölgesi Kabak Üretim Alanlarında Tobacco Mosaic Virus İzolatlarının Yaygınlığı ve Moleküler Karakterizasyonu - Ali Karanfil (Journal of Advanced Research in Natural and Applied Sciences)
Kültür bitkilerinde önemli üretim kayıplarına neden olan etmenlerden bir tanesi de tobacco mosaic virus (TMV)’dir. Tobacco mosaic virus (TMV) bilinen en fazla sayıda konukçu genişliğine sahip bitki virüs hastalığı olarak tanımlanmaktadır. Ülkemizde de farklı konukçularda etmenin varlığı tespit edilmesine rağmen kabak bitkilerinde (Cucurbita spp.) TMV enfeksiyon durumu ve izolatlarının genetik çeşitliliğine yönelik gerçekleştirilmiş bir çalışma bulunmamaktadır. Bu bağlamda Çanakkale, Edirne ve Tekirdağ illeri kabak üretim alanlarında arazi çıkışları gerçekleştirilerek, virüs hastalığı simptomu taşıyan 45 bitkiden yaprak örnekleri alınmıştır. Alınan örnekler RT-PCR ile TMV varlığı açısından teslenmiş ve 5 bitkide enfeksiyon belirlenmiştir. TMV ile enfekteli bulunanlar izolatlar içerisinden 3 TMV izolatı seçilerek, kılıf protein (Coat Protein: CP) gen bölgesine göre moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla etmenin CP gen bölgesi RT-PCR ile amplifye edilerek, çift yönlü olarak sekanslanmıştır. Elde edilen sekans verileri kullanılarak gerçekleştirilen çoklu dizi analizleri sonucunda Marmara bölgesi CMV izolatlarının kendi içlerinde nükleotid ve amino asit düzeyinde %99’un üzerinde benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir. Dünya TMV izolatları ile gerçekleştirilen benzerlik analizleri sonucunda ise izolatların birbirleri nükleotid düzeyinde %90-99, amino asit düzeyinde ise %94-99 oranlarında benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise kabak TMV izolatlarının birbirleri ile oldukça yakın ilişkili olduğu ve gen bankasında bulunan diğer Türk TMV izolatları ile ayrı bir alt-grup oluşturduğu belirlenmiştir.