毛干DNA提取中四种细菌清除方法的比较研究 - 周永恒 1 马跃 1; 2 崔靓玉 1 徐艳春 1; 2; 3 杨淑慧 1 (野生动物学报)
毛发（无根）作为一种非损伤性的生物样本，在保护遗传学和分子生态学研究中发挥着十分重要的作用。以毛干中提取的DNA为模板做PCR扩增时，mtDNA片段扩增效果较好，但核基因的扩增成功率极低。人们将其归因于核DNA质低量少所致。然而我们在前期研究中发现，从毛干中得到的总DNA混有大量的细菌DNA，是导致核基因扩增困难的主要因素之一。为此我们尝试建立一种高效、快速、低成本，而且不影响DNA提取的清除毛干细菌的方法。本研究以蓝狐被毛为材料，经过普通清洗后，以4种方法处理毛干，随后使用磁珠法进行总DNA提取，并通过荧光定量PCR检测总DNA中细菌DNA的含量，以此评估4种方法的有效性。结果表明，未经处理的毛干（V#1—V#3样本）总DNA中，mtDNA和细菌pDNA的Ct值分别为（1553±015）和（1682±003），二者的比值为（0923±0009）。以SDS和NaOH（方案I）、溶菌酶（方案II）和triton X100（方案III）处理的毛干样本，细菌DNA的含量没有明显降低。用65 ℃的4 mol/L NaOH溶液处理毛干样本20 s（方案IV），可把pDNA的拷贝数降低近1000倍，而动物DNA的拷贝数没有明显降低。延长处理时间至35 s以上会降低DNA的提取效果甚至提取失败。因此，我们推荐在提取毛干总DNA之前，采用方案IV处理毛干样品。