利用Illumina MiSeq测序平台分析健康与腹泻食蟹猴粪样菌群
本试验通过对比健康与腹泻食蟹猴粪便菌群的差异，初步探讨腹泻对食蟹猴粪便菌群的影响。采集成年腹泻与健康食蟹猴粪样各6份，用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3—V4 区，采用Illumina MiSeq测序平台对食蟹猴粪便微生物进行研究。结果表明，Alpha多样性指数分析，健康组与腹泻组的微生物多样性指数（Shannon、Simpson）差异不显著，群落丰富度指数（Chao、Ace）差异显著。PCA主成分分析，健康组与腹泻组粪便菌群具有明显的差异。通过对健康组与腹泻组物种菌群组成分析，运用MetaStat方法分析，与健康组相比，腹泻组的芽孢杆菌纲、乳酸杆菌目、乳酸杆菌属含量显著降低（P<0...
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| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | zho |
| Published: |
Editorial Department of Chinese Journal of Wildlife
2019-01-01
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| Series: | 野生动物学报 |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://ysdw.nefu.edu.cn/thesisDetails?columnId=67058811&Fpath=home&index=0 |
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| Summary: | 本试验通过对比健康与腹泻食蟹猴粪便菌群的差异，初步探讨腹泻对食蟹猴粪便菌群的影响。采集成年腹泻与健康食蟹猴粪样各6份，用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3—V4 区，采用Illumina MiSeq测序平台对食蟹猴粪便微生物进行研究。结果表明，Alpha多样性指数分析，健康组与腹泻组的微生物多样性指数（Shannon、Simpson）差异不显著，群落丰富度指数（Chao、Ace）差异显著。PCA主成分分析，健康组与腹泻组粪便菌群具有明显的差异。通过对健康组与腹泻组物种菌群组成分析，运用MetaStat方法分析，与健康组相比，腹泻组的芽孢杆菌纲、乳酸杆菌目、乳酸杆菌属含量显著降低（P<005），腹泻组Subdoligranulum属显著升高（P<005）。LEfSe（LDA Effect Size）分析（LDA阈值为1），乳杆菌目，芽孢杆菌纲，乳杆菌科，乳酸杆菌属在健康组中显著富集，弯曲杆菌科，弯曲杆菌属在腹泻组显著富集。与健康食蟹猴相比，腹泻食蟹猴微生物区系中的一些菌群发生变化，菌群结构有差异但不显著（P>005），腹泻食蟹猴菌群结构有简单化的趋势。 |
|---|---|
| ISSN: | 2310-1490 |